核子醫學科於2000年8月13日設立，成員包括科主任1人、專任主治醫師2名、技術主任(藥師)1人、放射師4人、護理師1人、醫檢師3人、行政辦事員(書記)1人，研究助理1人。
科室主要業務為放射免疫分析檢驗及核醫造影檢查，其中包括腫瘤標記檢查、荷爾蒙檢查、骨骼掃描、心肌灌注掃描、骨質密度檢查及其他各項檢驗與檢查等。
在教學研究方面，本科同仁努力提供實(見)習醫師及實習學生優良的教學品質，並積極從事各項研究工作，包括放射免疫分析及核醫造影檢查相關之主題，且將研究成果實際應用於病人，提升作業品質及病人安全。
啟業以來，本科秉持證嚴法師「無緣大慈、同體大悲」的理念，並遵循本院「守護生命、守護健康、守護愛」之宗旨以及「提升醫療品質與病人安全」之策略目標，全體同仁共同努力追求卓越品質，以持續提供「以病人為中心」的優質服務為目標，期望成為雲嘉南地區最被信賴的核醫團隊。

1. 核醫造影：
1.1 心臟血管系統：心肌灌注掃描(打藥)檢查項目、心肌梗塞掃描檢查項目、心臟博出分率及心室壁活動測定掃描檢查項目 、靜脈檢查項目、動脈檢查項目
1.2 骨骼肌肉系統：全身骨骼檢查項目、三相骨骼掃描檢查項目、肌肉檢查項目、骨質密度檢查項目
1.3 內分泌系統： 鎝99m甲狀腺掃描檢查項目、碘-131甲狀腺掃描及24小時攝取量測定檢查項目、副甲狀腺掃描檢查項目 、腎上腺皮質掃描檢查項目、腎上腺髓質掃描檢查項目
1.4 消化道系統：唾液腺閃爍攝影檢查項目、食道通過檢查項目 、
胃排空測定檢查項目、肝脾臟掃描檢查項目、肝膽道閃爍攝影檢查項目、邁克氏憩室檢查檢查項目、核醫出血檢查檢查項目
1.5 泌尿系統：腎臟掃描檢查項目、腎功能測定檢查項目、陰囊攝影檢查項目
1.6 中樞神經系統：腦部多巴胺神經元檢查項目、腦質灌注檢查項目、腦脊髓液循環動態功能檢查項目
1.7 呼吸系統：肺通氣檢查項目、肺灌注檢查項目
1.8 腫瘤與炎症系統：碘-131癌症追蹤檢查項目、碘-131頸及胸部掃描檢查項目、鎵-67腫瘤掃描檢查項目、鎵-67炎症掃描檢查項目、鉈-201癌症追蹤檢查項目、前哨淋巴結掃描檢查項目、淋巴檢查檢查項目、正子電腦斷層全身檢查項目
1.9 其他：淚腺閃爍攝影檢查項目、分流管通暢檢查項目
2. 放射免疫分析：
2.1 腫瘤標誌檢查項目：甲型胎兒蛋白(AFP)檢查項目、胚胎致癌抗原(CEA)檢查項目、前列腺特異抗原(PSA)檢查項目、腫瘤標記(CA 125)檢查項目、腫瘤標記(CA 15-3)檢查項目、醣蛋白抗原(CA 19-9)檢查項目
2.2 荷爾蒙檢查項目：甲狀腺原氨酸(T3)檢查項目、甲狀腺素(T4)檢查項目、甲狀腺刺激素(TSH)檢查項目、皮質素(Cortisol)檢查項目、泌乳激素(Prolactin)檢查項目、甲狀腺球蛋白(Thyroglobulin)檢查項目、儲鐵蛋白(Ferritin)檢查項目、副甲狀腺素(PTH-Intact)檢查項目、游離甲狀腺素(Free T4)檢查項目