本科部承襲花蓮慈濟總院骨科的優良傳統，致力為嘉義、雲林、南投乃至整個台灣西部之民眾鄉親提供頂尖的骨關節疾患治療服務。經過多年努力，已陸續成立各次專科：如脊椎外科、運動醫學科、骨創傷科、骨腫瘤及骨病科、足踝外科等，以滿足患者不同的醫療需求。

除了臨床治療外，本科部積極進行各專科的學術研究和人員教學培訓工作，旨在提升專業水準，達到醫學中心級別的標準。我們注重技術創新與醫療質量的持續改進，以確保每位患者都能獲得安全、有效的治療方案。本科部將繼續以患者為中心，致力於促進社區健康，並在骨科領域中不斷追求卓越。