大林慈濟醫院藥學部目前組織架構細分藥品調劑科及臨床藥學科共兩科。藥品調劑科所屬單位包括：調劑組（主要負責門急診藥局股、住院藥局股之調劑作業）、中藥組、藥品管理組、及製劑組（負責TPN及化學治療調配）之相關業務管理；臨床藥學科則細分為教學研究發展組及藥事照護組，負責部內學術、研究及臨床事務發展。