申請新藥使用條件，必須符合以下條件，方可進入審查程序。

基於利益迴避原則，申請醫師不得為藥委會委員；但遇該科主治醫師≤1人可例外。

每人每年申請最多３件；每醫療科每年最多７件。所稱每件，係指單一廠牌之單一劑型。

凡藥品已上市10年以上(以藥證登錄日期為主) 不得提出；所有之新適應症也需符合10年期限內。

新藥經主治醫師提出時，需於該科之科務會議進行討論，討論內容需包括提藥理由之陳述；若所提出品項需符合『進一刪一』則原時，也應於科務會議一併討論可刪除品項及相關效益評估，所有提出新藥申請之相關討論於會後應有正式會議紀錄，並由科主任簽章。

新藥品項一年得提案一次，若兩次決議不過則日後不得再提申請。

新藥引進後2年內，不可提為新藥申請的刪除品項。

本院新藥申請提案只受理經衛生福利部核准之藥品(具藥證字號者)

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