腹腔鏡手術是在全身麻醉下，於腹部切開4～5個約0.5～1公分之小傷口，將精密的微創器械伸入體內，再透過影像處理系統將病灶放大，並傳輸至螢幕上來操作的各項精細手術；因為視野廣、看得深，所以能夠更從容與精巧的清除癌病灶以及淋巴腺。當擴清完畢需要取出手術標本時，再將其中一個小切口擴大到約3～5公分，然後將病灶組織取出體外。
由於腹腔鏡大腸直腸手術的傷口小、疼痛少，老年病患發生肺炎、呼吸衰竭的併發症明顯減少；傷口感染、崩裂、切口疝氣，和日後發生腸粘連與腸阻塞的機會也較少。傷口小自然對身體的破壞減少，對體力的損傷較少，對免疫力差、身體健康本來就不好的患者能減少併發症的機率，其它也因為手術後恢復快、住院天數縮短，住院費用也就減少了。

目前國內的狀況是只有部分的醫院或是醫師有施行腹腔鏡大腸直腸癌根除手術，至於接受傳統剖腹手術或是腹腔鏡手術原則上是由家屬與病患自由選擇。

大腸直腸手術的可能風險和併發症和其他腹部臟器手術的情況類似：
1. 因為腹腔問題已嚴重感染或是已經發生腸道穿孔，手術後可能引起敗血症。
2. 有腎功能問題的患者可能在開刀、重建的過程中引起腎功能惡化，造成腎衰竭。
3. 有阻塞性肺病或氣喘患者，因腹部的損傷和傷口的疼痛造成呼吸衰竭。
4. 腹腔內膿瘍。
5. 吻合處洩漏：有2%～7%的機率接合腸子的地方（吻合處）有可能會漏，部分腸道的糞渣流入腹腔，會造成感染。如果流出的量不多，可用引流管清除，讓吻合處慢慢癒合；如果吻合處洩漏嚴重，糞便大量進入腹腔，且不從肛門排泄，只好在肚皮上切口施行「人工肛門」小手術，讓糞便從人工肛門處收集排除，待吻合處癒合，再取下人工肛門。
6. 傷口崩裂：腹腔鏡手術的傷口只有0.5～1公分寬，崩裂的機率非常低；即使有，只需再縫合就可以了。
7. 腸阻塞：腸子之間沾黏或腸子扭轉而不通的情形。保守療法是給予患者靜脈注射補充水分、電解值和抗生素，過幾天腸子會自行打開；如果腸子打的結很緊，無法自行解開，只好施行第2次手術。

1. 嚴重的心、肺功能不好的患者：手術過程中需要在腹腔灌注氣體，讓腹部鼓起來，增加手術空間。打入的空氣將橫隔膜往上頂，將壓迫到心臟和肺臟，增加患者手術併發症的機率。
2. 大腸因為外傷或是腫瘤而穿孔的患者，在灌氣的過程中，會造成細菌擴散，感染到其它器官或組織。
3. 動過腹部大手術，造成嚴重的腸沾黏難以剝離的患者。
4. 腫瘤已侵襲到不可移除的器官如大動脈、骨骼、膀胱、攝護腺，或鄰近腹壁的患者。
5. 凝血功能嚴重不全的患者。
6. 敗血性休克的患者。
7. 生命垂危必須以最短的時間完成手術的患者。

手術前
首先醫師會向病患或其家屬解釋手術的效果及可能之合併症，並由患者或家屬填妥麻醉及手術同意書。（請參考「認識安全的麻醉」、「認識手術」）
基本的手術前檢查有胸部X光、心電圖、驗血。還有，腹部電腦斷層或超音波以了解腹部臟器的狀態與排除可能的遠處轉移。
腸道準備：
手術時若大腸內仍有糞便殘留或是腸內細菌過多，會大大提高手術後敗血症或吻合處洩漏的機會。腸道準備需要1～2天的時間，以達到最佳效果。
1. 手術前2～3天進食低渣或清流質飲食，如米湯、清湯、過濾的蔬果汁、運動飲料、蜂蜜糖水、開水等無渣質的食物。
2. 手術前2天開始服用腸道的抗生素，以減少腸內細菌。
3. 手術前2天開始服用瀉劑。
4. 一般是手術前一晚睡前及手術當天早上施行灌腸，並視狀況給予增減灌腸次數。
5. 服用瀉劑後，自然有腹瀉情形，會造成體內電解質的流失與脫水，儘可能多喝水或飲料，必要時注射點滴，以補充體內電解質。
手術中
在肚皮上開3～5個小切口，各約0.5～1.5公分大小；腹腔鏡約一支鋼筆的粗細，還有其它細長型的腹腔鏡手術用器械，都經由小切口進入腹腔中。
各種器械在腹腔鏡手術中的動作有剝離組織、止血、切除病灶、縫合等。
手術後
傷口照護：
即使傷口較小，手術會產生疼痛仍是無法避免。由於禁食期間，不能吃止痛藥，但可以用止痛劑肌肉注射、或裝置患者自行控制的麻醉劑注射來減輕疼痛。
手術的傷口每天由醫師或護士換藥1～4次，滲液愈多的傷口換藥次數愈多。某些患者術後會有一條引流管引出多餘的滲出液或是血水，當引流出來的量少到一定的程度，即可抽出引流管，管子的傷口1、2天內就會自動癒合。當傷口癒合良好，約7～10天即可拆線。
少數的患者會因為腫瘤離肛門太近或是因為急診狀況（例如大腸穿孔或阻塞），醫師會在遠離手術傷口的腹壁上拉出一段大腸或是小腸做成人工肛門，再貼上造口袋以收集糞便。某些造口在手術的時候並未打開，留待48小時候在病房才打開造口，這時未打開的造口會用凡士林沙布包裹，至於打開的造口就會由造口師教導家屬貼上造口袋。
下床時間：一般約2～4天就可下床走動。
回診時間與特殊狀況：手術後5～7天即可出院，但仍須視患者個別情況而定。

飲食與用藥：
腸道手術後會有3～6天的時間因為腸道停止蠕動而呈現不排氣與排便的現象，患者暫時不可吃或喝任何東西，這段期間以點滴補充水分、電解質及體力。
之後視患者的年齡、體力以及手術的複雜度而定，等到有排氣、排便、腹脹改善，食慾恢復之後，即表示腸道癒合良好，便可逐步開始進食喝水。
腸子恢復蠕動功能之後頭幾天某些患者會有腹瀉情形，這是正常的生理現象，若腹瀉太嚴重，服用簡單口服藥即可止瀉。
手術後初期宜清淡食物，避免攝取產氣性、全奶、冰冷食物。儘量避免抽煙、喝酒及進食油膩辛辣、不易消化之食物。
活動與回診：
出院前醫師會預先安排好回診時間，通常是出院後1週左右。

因為切除的內臟經由塑膠製保護膜的潤滑作用，再加上傷口有一定的彈性可以撐大，所以往往看起來很小的傷口可以取出令人難以置信的大型標本。

根據國內外醫學研究，和傳統開腹手術比較，雖然腹腔鏡手術只開了幾個小洞，一樣能成功的將手術完成，甚至更好。

腸段吻合手術之後的恢復期因人與因手術不同而異，恢復從口進食一般約在2～7天之間。

以目前的手術技術而言，成熟的團隊對於腸沾黏的顧慮已經越來越小，絕大多數的手術疤痕並不會構成困擾，但是還是要由主刀醫師來判斷。

因為腹腔鏡手術的傷口小，對糖尿病患者的傷口癒合問題比較不用擔心。

傳統開腹手術對太胖的患者有些困難度；腹腔鏡手術則沒有這個問題。