大林慈濟醫院解剖病理科2000年8月成立，於2002年8月招收住院醫師，本科2016年1月通過TAF醫學實驗室認證。本科為解剖病理專科醫師訓練單位，每年可訓練1 名住院醫師。

本科服務量
1. 外科病理：每年有約27000例外科病理病例，4個工作天完成報告率98-99%，並有完整的電腦監控病理作業系統（含完整的陽性病理報告通報及回報系統），惡性報告複閱由電腦管控，複閱後才能簽發惡性報告。
2. 冰凍切片：每年有300-400例冰凍切片，並提供夜間及假日冰凍切片服務，20分鐘冰凍切片完成率＞90%。
3. 細胞病理：a)婦科抹片細胞病理：每年有13000-16000例婦科抹片，4個工作天報告完成率達99%。b).非婦科細胞病理：每年有2800-3500例非婦科細胞學病例，4個工作天報告完成率99-100%，陽性抹片及個案有完整通報及回報系統。
4. 分子病理：具完善的分生空間設備及單向作業動線。
5. 解剖病理：具完善解剖空間及作業，每年有1-3例的成人全身解剖。
本科具有充足的師資及豐富的教學資源，是衛福部認可的解剖病理科住院醫師訓練單位，每年可招收住院醫師乙名，完善的住院醫師訓練計劃，友善合理的工作量及紮實的教學訓練。

未來展望：培養次專科人才，持續安排主治醫師於國內外進修，提升各次專科診斷能力。

各種手術、切片所取出之組織及器官之病理檢驗、24小時快速外科病理診斷、子宮頸細胞學抹片判讀、其他各種細胞學(含甲狀腺、乳房、腫瘤抽出物、體液、尿液、痰等)之判讀、分子病理診斷、大體解剖教學。