本科相關疾病有腦中風，癲癇，老年失智症，巴金森氏症等相關不自主運動障礙，脊髓退化性疾病，腰背疼痛及其他神經病變，結合神經放射科、核子醫學科、神經外科與神經病理科等成為一個完整的神經醫療服務團隊，發展為神經醫學中心，以應高齡化社會來臨，服務更多神經病變之病患。
因應雲嘉南人口老化，腦中風與失智症患者增加，目前本科已成立腦中風中心與失智症中心。在腦中風中心方面榮獲台灣神經學學會頒發「台灣中風登錄頂尖治療貢獻獎；在失智症中心方面已開設失智症特別門診，希望協助早期失智症患者正確診斷治療，同時醫護人員與心理師走入社區進行衛教與篩檢，定期舉辦病友與家屬支持團體（詳情請參閱本院失智症中心網頁）。

頭痛、癲癇、中風、半身不遂、肌力減退、肢體無力或麻木、肌肉病變、肌無力症、肌肉病變、眼球運動障礙、顏面神經麻痺、腦炎、腦膜炎、周邊神經炎、各種神經痛、各種頭痛、抽搐痙攣、手腳顫抖、不自主運動、步態不穩、巴金森氏症、脊髓小腦退化症、失語症、失智症、記憶力衰退、意識障礙、痴呆、暈眩、腰酸背痛、職業性神經系統疾病、睡眠障礙、眼珠運動障礙、三叉神經痛